背景：某施工单位承担一井底车场的施工任务，计划工期12个月，从主、副井贯通后开始计算工期。实际施工中，主井由于涌水大出现淹井，导致主井工期延误4个月。根据业主的意见，井底车场施工从副井到底完成改绞后开始计算工期，原定工期不变。施工中，由于通风能力不足，施工单位比原计划少安排3个工作面，直到主井到底形成通风回路才进行全面施工，这时已延误工期3个月，因通风系统困难多支出50万元。为了按预定的工期完成任务，施工单位增开了临时巷道，增加工作面展开剩余工程的施工。为了增开临时巷道，施工单位安排一掘进队用时25天，支出了100万元。最终按预定工期完成了施工任务。

针对业主的意见，施工单位应如何应对?