案例分析题

某招标代理机构在招标代理业务中的违法行为被查处，政府招标投标主管部门于2008年12月6日对其做出暂停招标代理资格1年的处罚决定，并于2008年12月15日在该省招标投标违法行为记录公告平台上予以公布。2009年2月2日，该招标代理机构向人民法院提起诉讼，要求撤销对其行政处罚决定，为法院受理。随即，该招标代理机构已经向法院起诉，应等法院最终判决为由，向政府招投标主管部门提出撤销其违法行为记录公告的申请，但被驳回。2009年6月7日，该招标代理机构又向政府招投标主管部门提出撤销其违法行为记录公告的申请，理由是：法院判决虽未作出，但公告6个月的期限已过，应予撤销。

招标代理机构两次撤销违法行为记录公告的申请是否有依据，政府招投标主管部门是否应撤销其违法行为记录公告？