某工程项目业主与施工单位签订了施工合同。施工合同中规定，除空间钢桁架屋盖可分包给专业工程公司外，其他部分不得分包(除非业主同意)。本项目合同工期为22个月。
在工程开工前，施工单位在合同约定的日期内向工程师提交了施工总进度计划(见下图)和一份工程报告。
工程报告的主要内容如下：
(1)鉴于本项目需要安装专业的进口设备，需要将设备安装工程分包给专业安装公司。
(2)本项目两侧临街，且为繁华交通要道，故需在施工之前搭设遮盖式防护棚，以保证过往行人安全。此项费用未包含在投标报价中，业主应另行支付。

工程师对施工单位提交的施工进度计划和工程报告进行了审核。施工单位在按工程师确认的进度计划施工0.5个月后，因业主要求需要修改设计，致使工作K(混凝土工程)停工2.5个月。设计变更后，施工单位及时通过工程师向业主提出索赔申请(见下表)。
索赔申请

在施工过程中，部分施工机械由于运输原因未能按时进场，致使工作H的实际进度在第12月底时拖后1个月。
在工作F进行过程中，发生质量事故，工程师下令停工，组织召开现场会议，分析事故原因。该质量事故是由于施工单位施工工艺不符合施工规范要求所致。工程师责成施工单位返工，工作F的实际进度在第12月底时拖后1个月。
问题

工程师应如何处理施工单位工程报告中的各项要求？