进入21世纪后，质疑达尔文进化论的声音此起彼伏。
达尔文进化论的核心是自然选择，以及与自然选择相关的生存竞争和渐变，所以达尔文一再宣称“自然界没有飞跃”。达尔文认为生物个体在长时间的演化中，经过自然选择，其微小的变异积累为显著的变异，于是形成新的物种或新的亚种。①在大量古生物化石发现的基础上，1972年，美国古生物学家古尔德和埃尔德雷奇提出了一个全新的生物进化理论“间断平衡论”，认为生物的进化是渐变与跃进交替的进化模式，是基因突变或地理隔绝造成新种出现的过程。该理论比较合理地解释了地球生物演化史上许多物种突然爆发式出现的现象，指出了生物界不但有渐进式进化，也有飞跃。
“物竞天择，适者生存”的理论是达尔文进化论自然选择学说的前提和基础。②达尔文认为动植物界在十分剧烈的竞争下，适者生存，不适者淘汰；物种有利的变异将被保存下来，不利的变异则被淘汰，逐渐积累的有利变异结果就形成了新的物种。③但是20世纪60年代以来的科学研究表明，在自然界中，任何物种或生物个体，都处在一定的生态系统中。生态系统内的生物个体、物种、群落的内部以及它们之间，它们与环境的关系，不但有竞争，更有协同发展，人们熟悉的一个例子是，昆虫在采集花粉的同时，也为植物完成了授粉的任务。在这一过程中，昆虫得到食物，花得以授粉，动物与植物彼此受益，相得益彰。这种相互依赖的关系有时甚至协同进化出令人惊讶的结果。
地球上的生物物种经历了萌发、发展、壮大的过程，其最后归宿则是消亡，达尔文只承认渐灭，不承认突然绝灭。④达尔文之后的古生物发现与研究明确地表明，自然界不单存在着达尔文所主张的渐灭，还存在着达尔文所坚决否认的突然绝灭。⑤在较短的地质历史时期内，曾出现过生物大量整体地突然灭绝，从距今5.4亿年的寒武纪以来，这种明显的生物突然大灭绝就发生过4次。
需要指出的是，达尔文的进化论的确存在着时代局限性，但我们不能用现在的眼光去苛求他，被恩格斯誉为19世纪自然种学三大发现之一的达尔文进化论，其历史功绩是必须充分肯定的。

本文介绍的新的生物进化理论和研究，主要质疑的是达尔文的哪三个观点请用文中原话回答。