鞭毛菌的进化,一般认为是从水生演变到陆生的,由腐生的到专性寄生的。低等的鞭毛菌大都是水生的腐生菌,或者寄生在水生植物、水生动物和水生真菌上; 中间类型是两栖的,可以生活在较潮湿的土壤中,多为腐生或兼性寄生物;较高等的具有接近陆生的习性,又中有许多是高等植物的专性寄生菌。
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