某市新建一占地约80公顷的公园，现已初具规模，市园林行政主管部门为加强该园管理工作拟在公园总体规划已确定的管理用房位置，向市规划行政主管部门提出要求建设一幢三层办公管理用房，经市规划行政主管部门研究同意该项申请，并核发了建筑工程规划许可证。该工程建设期间，市规划行政主管部门两名执法人员，到现场监督检查时，发现该项工程正在砌四层墙体，有的已砌到了两米多高，与此同时，还发现该工程擅自增建了一层地下室，并且还在该楼的每个房间内增设了一个卫生间，为此执法人员当即找到了该工程的主管负责人和单位法人，在核对、查清事实后，发出了停工通知书，责令该工程立即停工，听候处理。该工程被责令立即停工的具体原因是什么？市规划行政主管部门应该如何处理？