①纤维素水解预处理有待完善，特别在能耗、水耗等方面还有很大的挖掘潜力；②纤维素酶的生产成本高，生产效率低；③能量产出与能量的投入比还有待提高；④纤维乙醇产品成本高，与粮食乙醇相比还不具有竞争优势；⑤农作物秸秆能量密度小，分散度高，不易收集，集中收购成本高。
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