案例分析题

2009年1月8日，A市烟草专卖局内部专卖管理监督科的内管员小张和小王两人对当地烟叶种植调拨收购企业近几个月的烟叶收购情况进行了实地检查，共检查了烟叶收购合同18份，收购烟叶10万担，但实地盘存烟叶库存时，发现仓库保管台账烟叶库存仅为9.2万担，通过抽查部分农户合同执行情况，发现的合同签订、执行及结算不吻合。发现异常后内管员立即向相关部门采用质询的方式指出存在的问题，并扣除了相关责任人员的绩效考核分。

案例中内管人员通过抽查部分农户合同执行情况，发现的合同签订、执行及结算不吻合，说明该企业可能存在哪些问题？内管员进行反馈处理问题的方式是否正确？请说明原因？