农村可以用来作沼气发酵原料的有很多，最常用的是人畜禽（猪、牛、羊、鸡、鸭、鹅等）粪便，各种作物秸秆（稻草、麦草、玉米秸）、青杂草、烂叶草、水葫芦、有机废渣与废水（酒漕、制豆腐的废渣水、屠宰场废水）等，都是很好的沼气发酵原料。
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