色谱柱是气相色谱分离的心脏，可分为填充柱和毛细管柱，现在多使用毛细管柱。色谱柱的分离效能是由柱内填充的固定相决定的，因此在选择色谱柱的时候要根据要分离的物质的极性等理化性质选择合适填料制作的色谱柱。
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