鞭毛虫寄生于体表、鳃、血液和肠等部位，特别是寄生于鳃的更为普遍，可造成很高的死亡率。主要危害鱼苗，是鱼苗培育期的常见病和多发病的病原体之一。常见的种类有隐鞭虫（主要是鳃隐鞭虫和颤动隐鞭虫），波豆虫，锥体虫等。
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