病原菌属暗梗孢科柱孢属真菌，侵染天麻时沿中柱层维管束侵染，染病天麻横切面中柱层维管束部位出现小黑斑，种麻最严重，天麻腐烂，产量显著降低，在从染病天麻中分离该病原菌时，发现了另一种病原菌，该病原对天麻的侵染方式块茎锈腐病原菌相似，只是在维管束部位出现橘色斑点，在试管中培养时呈橘色。
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