案例分析题

背景资料
某住宅楼工程，地下2层，地上20层，建筑面积2.5万平方米，基坑开挖深度7.6m，地上2层以上为装配式混凝土结构，某施工单位中标后组建项目部组织施工。
基坑施工前，施工单位编制了《××工程基坑支护方案》，并组织召开了专家论证会，参建各方项目负责人及施工单位项目技术负责人，生产经理、部分工长参加了会议，会议期间，总监理工程师发现施工单位没有按规定要求的人员参会，要求暂停专家论证会。
预制墙板吊装前，工长对施工班组进行了预制墙板吊装工艺流程交底，内容包括从基层处理、测量到摘钩、堵缝、灌浆全过程，最初吊装的两块预制墙板间留有“一”形后浇节点，该后浇节点和叠合楼层板混凝土一起浇筑。
公司相关部门对该项目日常管理检查时发现：进入楼层的临时消防竖管直径75mm，隔层设置一个出水口，平时作为施工用取水点：二级动火作业申请表由工长填写，生产经理审查批准；现场污水排放手续不齐，不符合相关规定。上述一些问题要求项目部整改。
根据合同要求，工程城建档案归档资料由项目部负责整理后提交建设单位，项目部在整理归档文件时，使用了部分复印件，并对重要的变更部位用红色墨水修改，同时对纸质档案中没有记录的内容在提交的电子文件中给予补充，在档案预验收时，验收单位提出了整改意见。

指出项目部在整理归档文件时的不妥之处，并说明正确做法。