卜蜂莲花先后在上海、广州、北京建立了三个大型干货配送中心及一家生鲜配送中心负责对全国的卖场进行商品配送,目前卜蜂莲花卖场的绝大部分商品是通过这四家配送中心进行配送的。
蜂莲花北京配送中心位于北京城南的大兴区,是一座面积为10000平方米的货架式立体仓库,可存放7000个标准托盘的商品,每天进出货量约20000箱,目前只负责干货的配送。另外卜蜂莲花在上海和广州各设立有一个干货配送中心,面积分别是48000平方米和18000平方米。卖场配送中心是在供应商和卖场之间搭建的一个中转平台,目的是减少整个供应链的运作成本及保证商品能快速、及时地运送到卖场进行销售。